При обновлении не обновляются языковые ресурсы. В логе обновления пишется "file ... is changed by the user". Но файлы на самом деле не изменялись.

Изменялся файл или нет определяется по контрольной сумме файла. В отдельных случаях файл может быть изменен сервером, даже если вы его не редактировали. Текстовое содержимое файла не изменится, но контролльная сумма будет другой. Для правильного определения контрольной суммы необходимо чтобы были включены Mimetype Functions, в частности функция mime_content_type.
Если нет возможности включить эти функции или при обновлении все равно выдается "file ... is changed by the user", отключите автоматическое обновление файлов. Тогда все новые файлы будут находиться в папке корень_сайта/_update. Структура папок в ней полностью повторяет структуру системы. Скопируйте вручную все или только нужные файлы из папки обновления в систему.

Обязательно учитывайте то, что перед повторным или последующим обновлением, папка корень_сайта/_update полностью очищается!

В последнем обновлении мы отказались от использования функции mime_content_type. Теперь для определения типа файла при вычислении контрольной суммы используются собственные функции. Также измененем алгоритм вычисления контрольной суммы. Вместо md5 хэша используется crc32.