Как правильно прописать пути к картинкам и файлам, загружаемым в админке?

Для строки из таблицы модуля "images":
абсолютный путь
alc_common_local_path().$alc_controller->module_get_prop('images', 'image_dir').$row['folder'].'/'.$row['filename']
относительный путь
alc_common_relative_path().$alc_controller->module_get_prop('images', 'image_dir').$row['folder'].'/'.$row['filename']

Для строки из таблицы модуля "files"
абсолютный путь
alc_common_local_path().$alc_controller->module_get_prop('files', 'file_dir').$row['folder'].'/'.$row['filename']
относительный путь
alc_common_relative_path().$alc_controller->module_get_prop('files', 'file_dir').$row['folder'].'/'.$row['filename']

А зачем нужны функции alc_common_local_path() и alc_common_relative_path() ?

Не обзательно устанавливать систему в корень домена, можно установить в папку. Эти функции дают абсолютный и относительные пути с учетом места установки системы. Только надо учитывать, что при установке в папку потребуется обеспечить соотвествующее перенаправление, например в файле htaccess.